流域水环境研究所致力于流域水环境污染问题的理论研究与技术创新，结合国际前沿研究方向和国家重大战略需求，系统研究基于污水绿色再生、生态储存、梯级回用的新理论、新技术，为流域水环境治理提供科学依据和技术支撑。流域水环境研究所现有不同研究背景的骨干教师12人、形成了一支以张建教授为学术带头人的多学科交叉科研创新团队，其中国家杰青1人，国家级青年人才2人，山东大学齐鲁青年学者2人、山东省泰山学者青年专家2人。